ZymoBIOMICS Microbial Community Standard

NGS 기반의 미생물 구성 프로파일링 기술은 미생물학 및 메타게놈 연구에서 점차 보편화되고 있습니다. 그러나 이러한 분석 기술은 시료 채취부터 분석에 이르기까지 상당한 편향이 발생할 수 있습니다. ZymoBIOMICS Microbial Community Standard는 미생물학 워크플로우의 추출 방법에서 발생하는 편향과 오류를 평가하기 위해 설계되었습니다. 또한 구성이 잘 정의된 혼합 미생물 군집을 모방하며, 용해가 용이한 그람 음성 세균 3종, 용해가 어려운 그람 양성 세균 5종, 그리고 용해가 어려운 효모 2종으로 구성됩니다. 처음부터 정의된 입력값으로 활용되는 Microbial Community Standard은 전체 워크플로우의 구축 및 최적화를 안내하고, 일상적인 품질 관리 도구로도 사용될 수 있습니다. 

Highlights

Technical Specifications

Defined Microbial Community

ZymoBIOMICS Microbial Community Standard에는 쉽게 용해되는 3종의 세균, 용해가 어려운 5종의 세균, 그리고 용해가 어려운 2종의 효모가 포함되어 있습니다.

Identify and Eliminate Bias

ZymoBIOMICS Microbial Community Standard은 다양한 DNA 추출 프로토콜을 비교 평가하기 위해 사용되었습니다. 추출된 DNA 샘플은 16S rRNA gene targeted sequencing을 통해 분석되었습니다.

Address & Reduce PCR Chimera

16S 라이브러리 제작 과정에서 PCR cycle 수가 증가할수록 PCR chimera의 발생 빈도가 증가합니다. ZymoBIOMICS Microbial Community DNA Standard는 라이브러리 제작 시 필요한 최적의 PCR cycle 수를 결정하고 최적화하기 위한 positive control으로 사용할 수 있습니다.

Assess GC Bias

라이브러리 제작 과정에서 GC bias(편향)를 평가합니다.

A) Compared to the ZymoBIOMICS® services, Supplier A’s shotgun metagenomic sequencing was biased due to GC content variation. 

B) Coverage of the 10 microbial genomes  was normalized to evaluate the effects of GC content.

ZymoBIOMICS Microbial Community Standard